PEREN s'organise autour de 6 sous projets, représentant 15 opérations clairement identifiées. Dans le cadre de l'appel à projet national "pôle d'excellence rural", les acteurs se sont engagé à achever la réalisation de ces opérations avant fin juin 2008.
De nouveaux projets émergent et des actions innovantes variées se déploient : formations, séminaires, rencontres et échanges représentent ajourd'hui autant de potentiels d'ouverture et de dissémination pour PEREN.
Le Comité Scientifique et Technique PEREN veille et soutient au déploiement de toutes les extensions du projet.
Les 6 sous-projets de PEREN :

| Sous-projet | Opération | Maître d'ouvrage |
| 1. Coordination / gestion | ADEAN | |
| 2. Cellule de gestion des connaissances | 1. Mise en place | ADEC |
| 2. Animation - pérennisation | ADEAN | |
| 3. Ecole d'entrepreneurs | Team Academy | |
| 4. Energie Biomasse, bois et céréales, à usage domestique | 1. Recherche & développement pour une chaudière à bois/céréales | De Dietrich Thermique |
| 2. Production d'un corps en fonte pour une chaudière à bois/céréales | De Dietrich Thermique | |
| 3. Plate forme céréales combustible | Comptoir agricole | |
| 4. Chaudière à Plaquettes et Fabrication de granulés de bois | Scierie Ehrstein | |
| 5. Mise en place d'une filière céréales combustibles | Chambre agriculture | |
| 5. Energie Biomasse à usage industriel et collectif | 1. Biogaz agricole | EARL Schleiffer |
| 2. Plate forme de stockage de biomasse brute agricole et forestière | Comptoir agricole | |
| 3. Mobilisation de biomasse forestière | Cosylval | |
| 4. Mobilisation de biomasse agricole | Chambre agriculture | |
| 6. Valorisation de l'énergie géothermique | 1. Site de Merkwiller | CC du Pechelbronn |
| 2. Site de Soultz-sous-Forêts/Kutzenhausen | GEIE Exploitation min. |