Les partenaires de PEREN ont fait le choix de fonctionner sous la forme d'un consortium, en mettant en avant flexibilité et réactivité et en privilégiant l'approche "projet".
Reposant sur un accord de consortium et d'instances représentatives de tous les membres selon leur degré d'implication (assemblée des membres, comité directeur et comité exécutif), PEREN est porté par l'ADEAN , structure administrative et de coordination du projet.